یکی دیگر از بناهای شکوهمند مجموعه پاسارگاد کاخ اختصاصی است که در 1300 متری شمال شرق آرامگاه کوروش واقع شده است. وسعت این کاخ 3192 متر مربع است که از یک تالار مرکزی و دو ایوان شرقی و غربی تشکیل شده است. در گوشه های شمالی و جنوبی ایوان غربی کاخ دو اتاق وجود داشته که آثار کمی از آنها باقی مانده است.

با توجه به پلان و ساختار معماری بنا، کاربری این کاخ  به عنوان اقامتگاه و منزل مسکونی کوروش بزرگ بوده است. این کاخ دارای دو درگاه اصلی است که در ایوانهای شرقی و غربی باز می شده و همچنین دو درگاه فرعی که در قسمت جنوب و شمال تالار  تعبیه شده اند.
نقوش برجسته درگاه ها تصویری از شاه را به همراه چتر دار یا مستخدم نشان می دهد که پیکر شاه بزرگتر نشان داده شده است. لباس شاه از نوع ردای بلند چیندار هخامنشی است که دارای دکمه های طلایی بوده است. در گذشته های دور این دکمه ها از جای خود بیرون آورده شده اند. نزدیک درگاه شرقی و بر دیواره ایوان رو به پردیس سکویی سنگی وجود دارد که احتمالا جایگاه شاه در هنگام تماشا و استفاده از باغ روبروی ایوان بوده است. سنگ­های به کار رفته در ساخت این کاخ از سه گونه سنگ سفید مرمرنما، سنگ آهکی سیاه و سنگ ماسه ای کبود رنگ است.  عناصر معماری و تزیینی بنا ساده ولی چشمگیر و آرام است. از ترکیب سنگهای سفید و سیاه در قسمت پایه ستون­ها و کف ایوان­ها یک نوآوری و سبک ویژه معماری به وجود آمده است. شالی ستون­ها دارای تزیینات قاشقی است که به صورت افقی روی آنها اجرا شده است. قسمت­هایی از سنگ­فرش کف کاخ در همان دوره هخامنشی مرمت شده که به صورت وصله­هایی در اندازه­های گوناگون به چشم می­خورد. گوشه جنوبی کاخ جرزی سنگی وجود دارد که دیوارهای آجری و خشتی بنا درون حفره آن چفت می شده و موجب استحکام بیشتر بنا می شده است. بر بلندای جرز و قسمت رو به شمال آن سنگ نبشته ای به خط میخی و با سه زبان فارسی باستان، ایلامی و بابلی وجود دارد که در اینجا شاه خود را معرفی می کند:

«ادم کوروش خشایثی یه هخامنشی یه»

«من کوروش شاه هخامنشی ام»