موزه ملی تاریخ طبیعی موزه‌ای واقع در صوفیه، پایتخت کشور بلغارستان است. این مجموعه که در سال 1889 تأسیس شد، وابسته به آکادمی علوم بلغارستان و اولین و بزرگ‌ترین موزه در نوع خود در منطقه بالکان است.
این موزه شامل بیش از 400 گونه پستاندار، بیش از 1200 گونه از پرندگان، صدها هزار حشره و بی‌مهرگان دیگر است؛ همچنین گونه‌های مختلفی از مواد معدنی جهان را نیز در خود جای داده است.
موزه ملی تاریخ طبیعی بلغارستان در سال 1889 به عنوان موزه تاریخ طبیعی فردیناند یکم بلغارستان تأسیس و با همکاری متخصصان مختلف خارجی و بلغاری به عنوان مدیران آن تا سال 1947؛ این موزه بخشی از آکادمی علوم جانورشناسی بلغارستان شد. همچنین این موزه در سال 1974 نیز به عنوان یک مؤسسه مستقل شروع به کار کرد.