اطلاعات دقيقی در مورد کيفيت و کميت گنجينه جواهرات تا قبل از دوران صفويه در دست نيست و می‌توان گفت تاريخچه جواهرات ايران از زمان سلاطين صفوی آغاز می‌شود. نحوه گردآوری و پديد آوردن مجموعه فعلی را به طور اختصار می‌توان چنين بيان داشت:
تا قبل از صفويه، اقلامی از جواهرات در خزانه دولتی وجود داشته است و براساس نوشته‌های سياحان خارجی (ژان باتيست تاورنيه، شواليه شاردن، برادران شرلی، وارنيگ و ديگران) سلاطين صفوی حدود قرن (907 تا 1148 ﻫ. ق.) شروع به جمع‌آوری نفايس و گوهرها نموده و حتی کارشناسان دولت صفوی جواهرات را از بازارهای هند، عثمانی و کشورهای اروپايی مانند فرانسه و ايتاليا خريداری کرده و به اصفهان، پايتخت حکومت می‌آورده‌اند.
بنابراين، در پايان سلطنت شاه سلطان حسين و با ورود محمود افغان به ايران، خزاين دولت توسط مهاجمان افغانی دچار پراکندگی گرديد و مقداری از آنها که بوسيله محمود افغان به اشرف افغان منتقل شده بود، پس از ورود شاه طهماسب دوم به همراهی نادر به اصفهان، به چنگ نادر افتاده و از خروج آنها از ايران جلوگيری شد.
بعداً نادر برای پس گرفتن آن قسمت از جواهرات که به هندوستان رفته بود، نامه‌هايی به دربار هند نوشت، اما جواب نامساعدد شنيد. پس از لشکرکشی نادر به هند (1158 ﻫ. ق.) محمد شاه مبالغی نقدينه، جواهر و اسلحه تسليم نادر کرد. بخشی از اموال و خزاينی که نادر از هندوستان بدست آورده بود، به ايران نرسيد و در راه بازگشت به ايران از ميان رفت. نادر پس از بازگشت به ايران، مقدار قابل ملاحظه‌ای از جواهر ونوادر را به اسم ارمغان برای امراء و حکام و شاهان ممالک همسايه فرستاد. وی همچنين مقداری از اشيای نفيس و مرصع را به آستان حضرت امام رضا (ع) تقديم کرد و مقداری را نيز ميان سپاه خود تقسيم نمود.
در سال 1160 ﻫ. ق. و پس از قتل نادر، احمد بيک افغان ابدالی از سرداران نادر، دست به غارت جواهرات خزانه نادر زد. از جمله اين گوهرها که از ايران خارج شد و هرگز بازنگشت، الماس معروف "کوه نور" بود. اين الماس به دست احمد شاه درانی و رنجيت سينگ پنجابی افتاد. با شکست رنجيت سينگ از انگليس‌ها، "کوه نور" به چنگ کمپانی هند شرقی افتاد و در 1266 ﻫ. ق. / 18/50 م. به ملکه ويکتوريا اهداء شد.
از آن پس تا زمان قاجاريه، باقيمانده خزائن تغييرات چندانی نيافت. در دوران قاجاريه، مجموعه جواهرات، جمع‌آوری و ضبط شد و تعدادی از جواهرات به تاج کيانی، تخت نادری، کره جواهر نشان و تخت طاووس (تخت خورشيد) نصب گرديد.
دو گوهر ديگر که به تدريج به مجموعه اضافه شد، يکی فيروزه که از سنگ‌های قيمتی ايرانی است و از معادن نيشابور استخراج می‌گردد و ديگری مرواريد که از خليج فارس صيد می‌شد. به موجب قانون مصوب 25 آبان 1316 شمسی، قسمت عمده جواهرات به بانک ملی ايران منتقل گرديد و سپس جزء پشتوانه اسکناس و بعداً وثيقه اسناد بدهی دولت به بانک بابت پشتوانه اسکناس قرار گرفت. خزانه فعلی جواهرات در سال 1334 ساخته و در سال 1339 با تاسيس بانک مرکزی ايران افتتاح و به اين بانک سپرده شد و اکنون نيز در صيانت بانک مرکزی جمهوری اسلامی ايران می‌باشد.
در زمان انقلاب شکوهمند اسلامی ايران و جنگ تحميلی، اين گنجينه نفيس و بی‌نظير به همت کارکنان متعهد و انقلابی بانک مرکزی جمهوری اسلامی ايران حفظ گرديد. اينک شما گنجينه‌ای از نفايس و سنگ‌های پربها را که طی دوران طولانی در کوره پرتلاطم زمان، دگرگونی و شکل گرفته، در پيش رو داريد. اميد است با مشاهده آن، به ياد آوريم که در نظام الهی جای تاج و نميتاج در موزه است و اين همه يادآور تاريخ خونين و پردردی است که بايد به ما هشدار دهد تا آن همه درد هيچگاه و به هيچ قيمت، ديگر تکرار نشود.